Двести лет назад, осенью 1794 года на Васильевском острове Санкт-Петербурга, на берегу Малой Невы, напротив Тучкова моста был построен красивый особняк по проекту итальянского архитектора Луиджи Руска. Хозяином особняка был крупный промышленник, негоциант, виноторговец и поставщик двора Его Императорского Величества Иван Васильевич Кусов.

В 1828 году сыновья И.В. Кусова продали дом отца Попечительскому Совету, находившемуся под покровительством императрицы Марии Федоровны, за 375 тысяч рублей с целью оборудования здесь больницы для жителей Васильевского острова и Петербургской (ныне Петроградской) стороны.
В течение одного года были проведены значительные работы по переустройству жилого дома под больницу, и 24 октября 1829 года (5 ноября) в день первой годовщины смерти императрицы Марии Федоровны состоялось торжественное открытие больницы.

Незадолго до открытия в больнице была оборудована небольшая церковь, освященная во имя равноапостольной Святой Марии Магдалины 14 октября 1829 года в день рождения покойной императрицы. Имя Святой Марии Магдалины было присвоено и лечебнице.
При открытии больницы в ней было развернуто 160 кроватей, работало всего два врача-ординатора и два-три сверхштатных, несколько фельдшеров, сиделок, палатных служителей и надзирателей.
Только за первые 50 лет существования больницы ее 22 раза посетили российские императоры Николай I и Александр II и оставили восторженные отзывы о состоянии лечебницы, содержании, обслуживании и лечении больных.

С 1874 года до октября 1917 года в больнице активно работало частное благотворительное общество для помощи беднякам, лечившимся в стационаре и после выписки, помогая им выдачей пособий, одежды, в приобретении протезов и билетов на поезд для возвращения к месту жительства.

В Первую мировую войну сюда поступали раненые с Северного фронта, а во время Гражданской - раненые красноармейцы со всех фронтов.
С 1918 по 1973 год Больница носила имя Веры Слуцкой (Вера Слуцкая работала в октябре 1917 года секретарем Василеостровского района РСДРП).

В 1943 блокадном году больницу посетил Уполномоченный Государственного комитета обороны, нарком здравоохранения Г.А. Митерев. Он дал высокую оценку деятельности больницы в тяжелейших условиях блокады и представил к награждению орденами и медалями группу врачей, медицинских сестер и санитарок.
В течение многих лет больница была клинической базой медико-Хирургической Академии. Здесь консультировали больных и вели занятия со слушателями Академии профессора: Пирогов, Гундобин, Кетчер, консультанатом-хирургом был лейб-медик Аренд (лечивший раненого на дуэли А.С. Пушкина), консультантом по терапии был профессор Каде.
В разные годы больница была постоянной клинической базой Медицинского института им. академика И.П. Павлова, Института травматологии и ортопедии им. профессора Турнера, Академии постдипломного образования и Санитарно-Гигиенического института.

В 1973 году хирургическая больница им. Веры Слуцкой объединилась с рядом расположенной соматической больницей им. Н.К.Крупской (Детская специализированная соматическая больница им. Н.К.Крупской была создана на базе национализированной в 1918 году французской больницы св. Марии Магдалины и общежития картонажной фабрики, пристроенного вплотную к зданию больницы). Этой, объединенной в единое лечебное учреждение, больнице было присвоено имя Н.К. Крупской.

В 1993 году больнице было возвращено ее первоначальное историческое название - больница святой Марии Магдалины.